Ein möglicher Nachteil ist das Risiko für ein Crossenrezidiv, welches erst nach Jahren auftritt. Dies spricht dafür, bei jungen Patienten auch an die klassiche offene Operation zu denken.
In den Anfangszeiten der Sondenmethoden, die ab dem Jahr 2000 Verbreitung fanden, waren Paräshtesien (Missempfindung, z.B. Kribbeln oder taubes, schmerzhaft brennendes Gefühl) im Vergleich zur chirurgischen Entfernung der Stammvene häufiger. Die Wiedereröffnungsrate der Stammvene nach Sondenverödung war ebenfalls häufiger.
Beide Komplikationen sind mit der zunehmenden Verfeinerung der Methode - unter anderem Verwendung von höheren Wellenlängen beim Laser - sehr selten geworden.